Existen diversas propuestas para llevar a cabo la caracterización de
materiales en los que no es posible conseguir una supericie pulida. Está
claro que cuando la muestra ofrece una superficie rugosa, no son válidas las
expresiones que hemos deducido para la intensidad detectada o para las
correcciones 
y 
. Sin embargo, suele recurrirse al hecho
de que el continuo debajo de las líneas se genera aproximadamente en las
mismas regiones que los picos, de manera que las atenuación que sufren son
similares, con lo cual al realizar el cociente de las intensidades
detectadas se consigue minimizar los efectos de matriz.
En el caso del análisis de partículas, influyen además los efectos de tamaño y de forma. El primero se asocia al hecho de que el volumen de interacción que correspondería a una muestra extensa excede los límites de la partícula, con la consiguiente reducción en la intensidad emitida. El segundo efecto está relacionado con esta reducción en la radiación generada, que no es la misma para dos partículas de diferente forma aunque tengan el mismo volumen, debido a que los electrones pueden emerger por diferentes puntos de la superficie de la misma. Al igual que en el caso anterior, uno de los modelos más popularizados corresponde a realizar el cociente de intensidades correspondientes a los picos y los fondos respectivos debajo de los mismos, minimizando los efectos de matriz.