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Alineación del haz.

Para optimizar el funcionamiento de la microsonda, el haz de electrones debe pasar por el eje de las lentes magnéticas. La dirección del haz es muy sensible a la posición del filamento, y no sólo es imposible su ubicación exacta desde un comienzo, sino que además puede modificarse con el uso. El filamento requiere una alineación periódica, o al cambiar el filamento una vez cumplida su vida útil. Este centrado se controla preferentemente desde fuera del sistema de vacío maximizando la corriente mientras está emitiendo el cañón, ya que al alejarse del centro de la grilla que lo aloja disminuye la emisión. Este ajuste es fundamental para no reducir la vida útil del filamento --de algunos cientos de horas--, pues la temperatura de saturación depende de su ubicación.

Por otro lado, los elementos de la columna (cañón, lentes, etc.) siempre pueden estar levemente desalineados, y actualmente se corrigen mediante bobinas magnéticas que encaminan el haz por el trayecto correcto y pueden ajustarse buscando la máxima corriente en el haz final; estos dispositivos han reemplazado los ajustes mecánicos tradicionales.

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